本发明涉及一种聚季铵盐离子液体酶反应器的制备方法，步骤如下：在乙腈溶液中加入三乙胺，随后逐滴加入4-乙烯基苄氯，搅拌加入乙酸乙酯，抽滤、干燥；将功能单体溶于甲醇中，然后加入交联剂、引发剂；水浴50℃～80℃引发聚合、洗涤、真空干燥；在Tris-HCl缓冲液中结合蛋白酶，结合完成后的溶液进行离心，离心后的材料用去离子水洗涤后，即得聚季铵盐离子液体酶反应器。本方法制得的酶反应器生物相容性好，分散性好，酶解效率高，提高酶的利用效率，性能稳定，可以实现重复利用，可以重复利用至少三次，在4℃的环境中放置60天后，仍能用于对蛋白的酶解。