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本发明公开了一种确定含水层平均厚度的方法，包括：在两条排水沟之间确定至少三眼潜水位观测井的位置，测量各井位距其中一条排水沟中心的距离Lj，在所述井位上开挖潜水位观测井，并测量出井口高程；获得各潜水位观测井的潜水位数据Hj；根据所述Lj和Hj获得所述目标点的潜水含水层平均厚度D。本发明实施简便易行，且不受其他因素的干扰与约束。