本发明涉及一种利用双分子标记鉴定蓖麻种子品种真实性的方法及试剂盒，步骤如下：(1)提取蓖麻种子基因组DNA：(2)以步骤(1)获得的基因组DNA为模板进行AP-PCR扩增，引物见序列1；(3)对步骤(2)获得的AP-PCR扩增产物进行凝胶电泳；(4)以步骤(1)获得的基因组DNA为模板进行RMAPD扩增，引物见序列2和序列3；(5)对步骤(4)获得的RMAPD扩增进行聚丙烯酰胺凝胶电泳；(6)将未知品种的条带与已知品种数据库进行比对，判断蓖麻种子的品种。本方法采用自主开发的试剂盒和实验室常规的PCR技术与电泳技术，从取样到检测完成只需7h左右，且周年都可以进行。简单易行、快速灵敏、结果准确。