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本发明涉及一种磁共振弹性重建方法，包括下述步骤：利用三维多方向MRE序列采集图像；基于图像获取相位图，其中，相位图中包含物质的位移矢量U；定义第一目标函数：其中，U为位移矢量，λ和μ分别为图像的纵向和剪切方向的拉梅常数，ρ为介质密度，ω为激励的角频率；采用最优化问题求解方法计算第一目标函数并得到第二目标函数；对第二目标函数加入约束条件并得到第三目标函数；求解图像的剪切方向的拉梅常数μ，并使第三目标函数最小。另外，本发明还提供了一种磁共振弹性成像系统。上述磁共振弹性成像重建方法准确度高，精确的重现组织的弹性分布，显著提高了弹性测量的准确性。