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本发明涉及一种秸秆微生物腐熟菌剂，主要由体积比为11的秸秆微生物腐熟菌液和蛋白营养剂制备而成；所述秸秆微生物腐熟菌液由秸秆混合物密封发酵得到菌种，并经由微生物培养基体外培养制得。利用秸秆混合物发酵过程，获得堆肥产热菌种，并将堆肥产热菌种进行富集培养，然后与富含蛋白质的蛋白营养剂进行混合，得到的秸秆微生物腐熟菌剂，可以在秸秆堆肥过程中产生热量，有效提供细菌繁殖所需温度，再通过蛋白营养剂提供氮源，使微生物在发酵初期，利用蛋白营养剂提供的氮源大量繁殖，提高堆肥速率，有效缩短培肥所需时间，解决了秸秆堆肥对贫瘠土壤进行培肥过程中，培肥初期功能微生物少、繁殖速度慢、氮素流失严重的问题。