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新一代测序加速基因组选择技术的产业化应用升级，突破卡脖子的技术问题近几年，中国农业大学研究团队致力于开发基于测序的高通量基因型分析技术，其中，2021年研发成功低深度测序全基因组基因分型技术，该技术实现了在没有先验参考单倍型数据库的物种中进行全基因组百万级别遗传标记的鉴定开发，其分析的准确性已接近100%，比现有同类技术提升5到15个百分点；更重要的是，该技术的分型成本比现有SNP固、液相芯片、简化基因组测序等技术降低1个数量级。基于该技术，研究团队目前还开发了多种针对不同育种目标的不同通量的基因型分析策略，已形成完整的理论实践环，为基因组选择技术的应用推广提供了行之有效的解决方案。利用上述分型技术获取的高密度、高准确度遗传信息，有条件实现对传统基因组选择GBLUP模型的改进创新，目前已实现的改进策略包括提升重要位点权重、设置多个GRM矩阵进行不同位点权重配置等，开发了畜禽物种中的新型GFBLUP、WGBLUP以及SLDP-GBLUP等模型，利用这些模型最终可以实现每个特定性状的精准预测策略。目前该技术已经在猪、鸡等畜禽生长、繁殖性状中展开应用，预测准确性提升5到20个百分点，显著提高了遗传进展。基于低深度测序的基因组选择育种技术是一项种业关键共性技术，目前不仅在畜禽物种中吸引到石家庄市畜牧站、华南农业大学、中科院动物所、广东温氏集团、四川德康农牧食品集团等十余家单位进行应用推广，还在玉米、鲍鱼、对虾等作物、水产物种中展开了合作研究。本项目还具备典型的学科交叉属性，依托人工智能算法、基因组测序、基因编辑、精准化表型等前沿技术，同时整合国内动物育种核心科研团队和育种领军企业，实施畜禽物种“十千万亿”育种系统性工程，通过建立智能组合优良等位基因的自然变异、人工变异、数量性状位点的育种设计方案，引领动物育种步入育种4.0的时代，从科学到智能的革命性转变，最终实现高效、定向培育新品种。该技术解决了基因组选择育种中重要的“卡脖子”问题，为我国十四五规划种业振兴行动方案提供了完全自主知识产权的新型遗传分析方法和育种理论依据。