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本发明提供了一种自门控三维心脏成像的运动信号提取方法及装置，涉及三维心脏成像技术领域。该方法包括：根据TureFISP序列，采用多回波的三维径向混合采集方式得到心脏电影成像数据；在心脏电影成像数据中的各采集层径向采样线上获取多个点的信号值，并确定多个点的信号值的平均值，作为导航信号；根据导航信号进行一维离散傅里叶变换至图像域，并加权获取得到心跳及呼吸运动混合信号；将心跳及呼吸运动混合信号通过带通滤波器进行滤波，获取到心跳信号和呼吸信号；根据心跳信号和呼吸信号，对心脏电影成像数据重新排列同步，生成三维心脏电影图像。本发明解决了现有技术所获取的运动信号不准确，影响重建心脏电影图像的质量的问题。