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本实用新型公开了一种农田生态系统CO2通量自动监测系统，包括若干套合的静态明箱、自动升降机和CO2监测装置，CO2监测装置设于静态明箱内，用于实时检测静态明箱内的CO2浓度，自动升降机用于夹持静态明箱调节其高度，若干套合的静态明箱和自动升降机，均用于CO2监测装置检测不同高度的CO2浓度。本实用新型具有方便操作、可持续监测、易携带和易组装的特点，可用于监测作物在不同生长期不同高度条件下农田生态系统CO2通量排放的研究。