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本发明公开一种水工建筑物的安全隐患检测系统，包括动态激励源、测点优化布置子系统、信号采集子系统、信号处理子系统、预警子系统，动态激励源，用于对水工建筑物进行外界激励，使水工建筑物产生振动而发出动力响应信号；测点优化布置子系统，用于根据水工建筑物的具体结构，得到用于感测动力响应信号的各传感器的最优组合与布设位置；信号采集子系统，采集布设的各传感器所感测的动力响应信号；信号处理子系统，用于对各传感器感测的动力响应信号进行处理、分析；预警子系统，用于根据对动力响应信号的处理结果，发出预警信息。本发明的系统可检测水工建筑物的隐患范围与结构损伤程度，全面检查水工建筑物的整体健康状况。