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本发明涉及一种检测RET基因融合的方法及其应用。具体地，包括步骤：（1）检测所述待测样本中RET基因转录本前部的相对表达量，记为PA 1，并检测RET基因转录本后部的相对表达量，记为PB1，并计算两者的相对表达比率，记为P值；（2）将待测样品的P值与RET基因未发生融合样本的P值进其中，如果待测样品的P值与RET基因未发生融合样本的P值存在显著差异，则表示待测样本中的RET基因存在融合；还可能包括步骤：对P值存在显著差异的待测样品进行PCR鉴定 5’RACE和测序分析，从而确认RET基因的融合方式。