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随着人们生活水平的不断提高，人们的消费观念、饮食习惯、营养要求等都发生了巨大的转变，从简单的吃饱吃好到营养健康甚至防病治病。近年来，一些功能性低聚肽，尤其是低分子量的活性肽在当前食品科学界受到了高度关注并成为热门的研究课题之一。其中高F值低聚肽就是一种功能肽，由于其对疲劳导致的亚健康具有独特的调理功能，在食品和医药界受到了高度关注。研究提供一种以小球藻粉为原料制备高F值低聚肽的方法本发明提供的制备高F值低聚肽的技术方法。研究以实验室保藏的一株黑曲霉（Aspergillus niger）M00988，其所产的羧肽酶对末端为芳香族氨基酸和具有较大侧链的疏水性氨基酸的肽键具有较好的活性，具有潜在的改造应用价值。研究从天然菌株中克隆得到羧肽酶基因，通过酶分子改造的方式研究其对芳香族氨基酸肽键的特异性，最终应用于高F值低聚肽制备中。技术以蛋白核小球藻粉作为原料制备高F值低聚肽。采用超声破壁及碱溶醇沉法提取蛋白核小球藻蛋白，优化提取条件后最终蛋白提取率达到11.20%。将该技术制备的低聚肽与常用的商用非特异性酶木瓜蛋白酶与风味蛋白酶的酶解技术进行了比较发现低聚肽的F值高达39.09，相较商业常用的木瓜蛋白酶和风味蛋白酶F值提高了近40%。技术以小球藻为原料靶向酶解生产高F值低聚肽，酶解产物中有效成分含量高，有利于提高产品F值,降低酶法生产成本,减少后期纯化过程中的能耗,降低环境污染,实现高效制备高F值低聚肽的工业化生产应用。