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本发明涉及从多潜能干细胞诱导胆碱能神经元的方法。首次揭示一种可诱导多潜能干细胞向基底前脑胆碱能神经元高效分化的方法，所述方法包括在合适的时间点进行悬浮培养或贴壁培养，采用联合骨形态发生蛋白9(BMP9)与Sonic hedgehog(Shh)诱导拟胚体使之分化为基底前脑胆碱能神经元。本发明的方法简单高效，获得含有高比例基底前脑胆碱能神经元的细胞群。