本实用新型提供了一种微小型模块化AUV控制系统，属于水下航行器技术领域，包括组织层、协调层和执行层，所述的组织层包括控制器和扩展板，协调层内包括主控制节点、执行控制节点、意外控制节点、备用节点和传感器节点，控制器与主控制节点连接，执行控制节点与执行层内的各部分载体模块连接，意外控制节点与抛载模块连接。本实用新型的有益效果为：采用CAN总线的混合控制结构，具有实时性高、检错和纠错机制强、连接简单、可扩展性强等优点；通过分层控制设计，使得控制的复杂性大为降低，且具有很好的模块性，同时对微型控制器加入了扩展板，使其能够更加适应AUV执行复杂任务的需要。