本发明提供的高效微生物转化制备麦芽糖酸的方法：(1)在传统菌体发酵培养过程中，添加一种非蛋白质类氨基酸，即5氨基乙酰丙酸，能显著减少菌体培养时间，所获得的菌体具有高效转化麦芽糖生成麦芽糖酸的能力；(2)离心重悬细胞，用所得静息细胞对麦芽糖进行转化，在转化过程中添加NaCO3或CaCO3使pH保持恒定，以提高转化效率；(3)转化结束后，离心取上清，经蒸发浓缩、乙醇沉淀、烘干等步骤得到麦芽糖酸钙、麦芽糖酸钠，最后用硫酸置换反应获得麦芽糖酸产品。该法所获得的麦芽糖酸具有生产周期短、转化效率高及产品纯度高、安全可靠等显著优点，可用作食品添加剂、医药中间体、化妆品等行业。