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本发明提供一种胎儿心电信号分离方法，包括如下步骤：从母体腹壁心电信号中，提取出母体心电R波波峰位置；以母体心电R波波峰位置为定位点，在母体心电R波波峰位置的左右段各截取固定长度，对当前R‑R间隔的固定数目的模板进行平均，得到平均模板，并以当前模板和平均模板获得递归模板＝a*平均模板+b*当前模板；将母体腹壁心电信号和递归模板进行对消，得到被分离出的胎儿心电信号；对对消后剩余的胎儿心电信号进行逻辑判断，识别出泄漏的母体心电QRS波群分量，并将此处的分量抑制，获得所需的胎儿心电信号波形。所述胎儿心电信号分离方法中不包含大量的矩阵和乘法迭代运算等，将大大地降低实现复杂度，减少资源占用。