地衣芽孢杆菌在植物病害防治、饲料加工、医药开发、环境污染治理等方面有着广泛应用。 在防治植物病害方面，地衣芽孢杆菌通过产生的抗菌物质（蛋白质类如抗菌蛋白、多肽类、几丁质酶和非蛋白类如苯乙酸）发挥作用。 在饲料加工方面，其以内生孢子形式存在。孢子进入动物肠道后，迅速复活并分泌活性很强的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶，有助于降解植物性饲料中某些复杂的碳水化合物。在医药方面，通过以菌治菌的方法，地衣芽孢杆菌进入肠道内，在生长代谢中产生多种抗菌活性物质，抑制肠道中的致病菌。在环境污染防治方面，其可以降解拟除虫菊酯类农药残留及吸附重金属等。